O mundo parou após a guerra dos tempos, onde as vilas lutaram pela sobrevivência, contra a akatsuki. Apenas dois Jinchuricks deixaram de ser capturados e com isso atrapalharam os planos da Akatsuki, estes eram Kyuubi (Naruto), Hachibi(Killer Bee).
Após esta Guerra, todos os shinobis morreram, deixando vestígios de sua existência, livros ensinando técnicas, e também com suas histórias. Os Bijuus escaparam, e estão soltos no Mundo shinobi.
Os shinobis foram extinto, mas deixaram vestígios de seus sangues. Os ensinamentos Shinobi, haviam sido preservado, para serem utilizados quando preciso, no futuro. Durante 100 anos, o mundo já estava cheio de violencia, e sempre os descendentes dos antigos ninjas, tentavam dominar os ensinamentos de seus ancestrais, mas não eram capazes. Então, finalmente, nasceram alguns bebês que eram capazes. Cresceram, e foram criados como verdadeiros ninjas. Então, muitas pessoas se reuniram e decidiram criar novas vilas, estas eram Konohagakure no Sato e Kirigakure no Sato. Ambas sempre tiveram boas amizades, mas chegou um dia em que foram escolhidos os novos Kages das vilas. Estes eram Hyuuga Luca e Minamoto. Eles foram criados juntos no mesmo conjunto de pessoas, mas nunca se deram bem. Por causa desse conflito, as vilas se separaram, mas nunca deixaram de ajudar quando precisavam, para o bem de sua própria vila. Tudo corria bem, até quando chegou um shinobi chamado Uchiha Shigueru,mais conhecido como o Criador da Madeira Negra, que não aguentava mais a baboseira das vilas e decidiu se exilar e reiniciar a Akatsuki. Tudo para ter o mundo ninja em suas mãos e controlar para o que bem entender. Como o Mizukage Minamoto e o Hokage Luca achavam Shigueru muito perigoso, escalaram ele como exilado de Rank S, o mais procurado dos criminosos. Agora, novos ninjas podem nascer, para fazer o bem, ou o mal. A escolhe deles, pode mudar tudo.